Según sea el origen o autoría de las marcas de cantería podemos establecer el siguiente árbol tipológico.
Clasificación tipológica establecida por Jean-Louis Van Belle en C.I.R.G. (Centre International de Recherches Glyptographiques).
Una marca de cantería puede tener hasta tres niveles de lectura, por lo que su clasificación debe contemplar tres jerarquías que contemplen su aspecto formal, su posible significación y su función en el contexto de la obra constructiva. Tres jerarquías imbricadas de forma que podemos clasificar las marcas de cantería comenzando por cualquiera de ellas. 
Clasificación tipológica que empleamos en el proyecto SIGNO para la ordenación de las marcas de cantería.
Cada una de estas jerarquías se desarrolla independientemente. En el aspecto formal, lo primero que llama la atención es que el aspecto de las marcas de cantería pueden poseer unas facturas geométricas, es decir, regirse por una estructura de confección reglada o carecer de la misma. A su vez, el significado de esas formas puede ser convencional, por su valor como grafías o cifras numéricas, o bien simbólico, cuando lo representado se toma como arquetipo de una realidad natural o inventada. En cuanto a la función de las marcas de cantería, hay fundamentalmente dos tipos: las denominadas marcas de Honor o identidad del cantero o taller, y las marcas de obra, cuya finalidad era facilitar la labor de construcción del edificio.
Clasificación de las marcas de cantería por sus formas (regladas)
Para realizar la clasificación por formas de las marcas de cantería partimos de la tipología establecida por Jean-Louis Van Belle, aunque ampliamos los tipos y las dividimos en dos grande grupos en función de si su estructura es reglada, es decir, que para su formación es necesario el apoyo de la regla y el compás o bien responden a diseños libres que no incorporan en sus trazados reglas geométricas.
1.- Marcas de cantería geométricas
Signos cuyas estructuras geométricas se corresponden con proporciones de la tradición de la Geometria Fabrorum que practicaban los canteros y maestros medievales. Se reconocen porque son formas que poseen un contorno regular (círculos, triángulos, cuadrados, polígonos) que puede llegar a encerrar en su interior formas simples como puntos, rectas o curvas. A veces, estos contornos son convexos; es decir, todos los ángulos interiores son mayores de 60°. Las formas cerradas cóncavas poseen algún ángulo interior menor a 60°. Las formas abiertas, en cambio, son combinaciones binarias de formas cerradas, relacionadas entre sí por líneas; es decir, de forma convexa con forma convexa (por ejemplo un círculo con un cuadrado), de formas convexas con formas estrelladas (por ejemplo un círculo con una cruz), o combinaciones de formas estrelladas (por ejemplo una cruz griega con una cruz latina).
Ver tablas de tipos de las marcas de cantería por formas geométricas.
2.- Marcas de cantería de diseños libres (no regladas)
Signos que representan objetos y seres conocidos. Normalmente suelen implicar un conocimiento simbólico. Un valor simbólico de indudable transcendencia, tanto para los canteros que las ejecutaban como para los peregrinos que visitaban las iglesias, ermitas y catedrales medievales. Los significados de este tipo de marcas es, por tanto, en parte sugerido y requiere ser interpretado.
Ver tablas de tipos de las marcas de cantería por formas libres.
Clasificación de las marcas de cantería por sus funciones
Signos que sirven como canal de información para canteros, asentadores y oficiales durante la construcción del edificio. Firmas y signos para cobrar el salario por las piezas talladas.
1.- Marcas de cantería de identidad o propiedad
Suelen ser signos en forma de letras, monogramas o anagramas, del nombre del maestro o del oficial. Son de confección algo más compleja, en ocasiones respetando un proceso geométrico y, por lo tanto, ubicadas en el centro de la cara vista, o paramento, en el dintel de un vano, en la clave de un arco, en el tambor de un pilar a columna, entre otros lugares destacados. El origen de este tipo de marcas puede deberse a imitaciones de los escudos de armas de las casas nobiliarias, con las que el maestro cantero se hacía respetar cuando negociaba y firmaba contratos de trabajo. Dentro de este grupo habrían marcas a nivel individual, de oficio, taller y gremio. También podemos encontrar marcas de cantería de los comitentes o donantes de algún sillar, columna o parte de la obra.
Ver tablas de tipos de las marcas de cantería por funciones.
2.- Marcas de cantería utilitarios o rectoras (de obra)
Signos realizados durante la construcción del edificio para servir de apoyo a canteros, asentadores y oficiales. Suelen ser dibujos esquemáticos, que pueden estar confeccionados sobre estructuras o modelos geométricos, empleando la línea ejecutada con puntero, o rayadas. Atendiendo sólo al aspecto formal la marca suele ser esquemática, definida por líneas que determinan perfiles, contornos y dintornos (líneas interiores que definen la forma interna); dispuestas de forma geométrica o como líneas libres. La función de estos signos para los artesanos, albañiles y maestros de obras podría servían para comunicar órdenes de trabajo. Se utilizaban para señalar las piezas previamente dispuestas sobre la montera. Se reconocen porque son líneas simples, con extremos acaban en forma de letras o cifras de trazado sencillo y libre, puntas de fechas, ángulos, puntos, arcos, entre otras. Se correspondían con operaciones, como el pulido (acabado liso y brillante), el flameado (superficie basta o irregular), el apomazado (acabado más natural con muela de carborundum) o amolado (superficie basta con la misma muela de carborundum), el escafilado (acabado irregular a cincel) y el cortado (con las huellas del corte).
Ver tablas de marcas de cantería por usos relacionados con el oficio de la talla de la piedra.
3.- Marcas de cantería que representas herramientas del oficio
Marcas de cantería que representan herramientas y otros utensilios propios del oficio del tallado y labra de la piedra u otros oficios.
Clasificación de las marcas de cantería como representaciones de grafías y cifras o ideogramas
Las marcas formales pueden ser de dos grandes grupos: signos correspondientes a grafías y cifras, y múltiples formas libres de todo tipo.
1.- Signos convencionales
Marcas de cantería que representan cifras o letras.
2.- Signos no convencionales: ideogramas o simbólicos
Marcas de cantería que representan objetos y seres conocidos. Normalmente suelen implicar un conocimiento simbólico. Un valor simbólico de indudable transcendencia, tanto para los canteros que las ejecutaban como para los peregrinos que visitaban las iglesias, ermitas y catedrales medievales. Los significados de este tipo de marcas es, por tanto, en parte sugerido y requiere ser interpretado. Signos y símbolos propios de grupos religiosos tales como cruces de consagración, monogramas, sellos y estrellas. Marcas rituales o signos protectores cuya función es mágica.
Ver tablas de tipos de las marcas de cantería por grafías y cifras y otros aspectos simbólicos (ideogramas).
Como escribe Álvaro Rendón en referencia al rico lenguaje que supone el corpus de las marcas de cantería grabadas en las construcciones medievales:
Cuando el investigador se acerca por primera vez a los signos lapidarios cree descubrir en ellos un lenguaje nuevo, contenedor de mensajes esotéricos. Si alguna vez en la Historia de las marcas esto fue así, no tendríamos la menor probabilidad de descifrarlos porque las claves se perdieron hace siglos, y aunque así fuese, ¿cómo podríamos tener la certeza de haber dado con el mensaje correcto? Solo nos queda es la de especular sobre los poquísimos datos contrastados que tenemos, adoptar una actitud más creativa e intuitiva en su interpretación y trasladar nuestra mentalidad moderna a la del cantero medieval. Esta propuesta es difícil y, a la vez, arriesgada porque podría llevarnos a soluciones desconcertantes y sin valor. Necesitamos, por tanto, establecer límites a nuestra imaginación y dejar acotadas ciertas reglas básicas. Uno de estos límites sería consensuar una clasificación que funcione en el mayor número de niveles de lectura. Pero, ¿cuáles serían esos niveles de lectura? Parece obvio que sea la morfología de la marca la que nos llegue antes. Después, a otro nivel, la misma forma sugiere un parecido con algo conocido: natural o abstracto. Por último, el significado de la forma evoca significantes de tipo simbólico. Tres serían pues los niveles de lectura: formal, significativo o representativo y figurado o simbólico.